实际上每一个医院都会有消毒供应室，每当经历一场手术后手术器械等等的清洗灭菌都是必须进行的步骤。内镜检查如今已经是消化系统病症进行诊治的必不可少的手段，使用相关器械需要侵入人体，因而为了避免交叉感染器械用后需要进行彻底的清洗消毒。内窥镜室设有患者候诊室、诊断室、清洗消毒室、内窥镜储藏室，内镜清洗工作站设于储藏室，清洗后置于内镜储镜柜。

       内镜清洗工作站清洗工序一般分为冲洗、酶洗、超声波清洗、漂洗、终末漂洗这几个步骤，清洗过程中要求工作人员应穿戴必要的防护用品以防感染及消毒剂伤害，《内窥镜清洗消毒技术标准》的有关规定要求日常诊断和治疗开始之前，当天使用的消毒内镜必须再次消毒20min以上，在使用后经清洗和干燥的内镜可用于患者的诊断和治疗。多个清洗消毒的步骤都需依靠内镜清洗工作站，清洗彻底是保证消毒和灭菌成功的关键。

       采用内镜清洗工作站进行器械清洁消毒，不同系统用软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。常见的不论是呼吸系统还是消化系统用内镜，清洗过程都会有残留细菌的污染，而不同系统的内镜污染的细菌种类不同自然对常用消毒剂抵抗力也不同，一旦交叉污染可能会造成感染。其后内镜清洗工作站用用于干燥内镜、按钮和阀门等设备的干燥台铺设的无菌巾，重点注意为保持无菌状态需4小时更换一次，减少和避免高水平消毒后对内镜造成二次污染，且无菌巾在使用中不可避免会出现潮湿，潮湿会加快细菌滋生，因此如潮湿比较严重不到4小时也要更换。